党委办公室、校长办公室是连接学校党委行政和各职能部门单位的桥梁纽带。作为学校党委、行政日常工作的综合办事机构，履行着参谋助手、综合协调、信息督察、服务保障、校地合作、校友联络等重要职能。

1958年建校之后，相继设立学院党委办公室、院长办公室两个部门；而后几经机构变革，1999年，学院党委办公室、院长办公室合署办公；2004年4月将学院党委办公室与院长办公室、外事办公室、港澳台办公室合署办公；2005年3月，在此基础上，分离出外事办公室、港澳台办公室；2008年，在2005年基础上增设校友办公室；2013年，增设发展规划科、社会合作科；2015年，增设博物馆管理办公室。2016年3月，教育部正式发文，将我校更名为河南中医药大学。目前，学校党委办公室、校长办公室与校友办公室合署办公，下设秘书科、信息督查（目标考核办）科、行政科、综合档案室、发展规划科、社会合作科、校友办、机要室、博物馆管理办公室等职能科室。